建校伊始，学校就成为新中国最早接收外国留学生攻读中医学的高等中医药院校，到目前已为94个国家和地区培养了2万余名中医药专门人才，并先后与31个国家和地区的118所知名大学和研究机构建立合作关系。1996年与英国密德萨斯大学合作设立了我国第一个在国外高校独立颁发医学学士学位项目。率先在世界50强高校中开办中医学专业本科教育，与新加坡南洋理工大学合作开设“中医学-生物学”双学士学位教育。与西班牙巴塞罗那大学医学院合作开设获欧盟认可的第一个中医学硕士学位项目。开设我国首个全英文授课西医生学习中医的博士学位项目、硕士学位项目，首个全英文授课中医学士学位项目。牵头成立上海合作组织医学大学联盟，打造合作典范，推进全球卫生健康共同体建设。
学校于1991年在德国建立北京中医药大学魁茨汀中医医院，开创了中国大学在海外办中医特色医院的先例，成为中医药走向世界的典范。学校首创集医疗、教育、科研与文化传播于一体的“海外中医中心”，为中医药海外发展提供了行之有效的“北中医方案”，先后建立北京中医药大学澳大利亚中医中心、俄罗斯中医中心、美国中医中心、中国-德国中医药中心（魁茨汀），把中医药打造成中外人文交流、民心相通的亮丽名片。俄罗斯中医中心成功取得俄罗斯联邦医疗机构资质，成为俄罗斯第一家被纳入国家医疗保险体系的中医特色医院。澳大利亚中医中心积极推动针对西医生的中医学历教育，两届中医学硕士学生成功毕业。美国中医中心瞄准中医特色及医学前沿，围绕癌症、癫痫、儿科疾病、生殖疾病等成功举办多次高端学术会议，与美国国家儿童医院合作建设具有中医特色的中西医结合儿科门诊，成为中美两国在医学领域开展学术交流与对话的重要平台。